W roku 1990 po pierwszych wyborach samorządowych III RP burmistrzem Lubaczowa został Wiesław Bek, zastępcą - Witold Gimlewicz, przewodniczącym Rady Miejskiej - Arkadiusz Przybylski. W wyniku wyborów 1994 roku stanowisko burmistrza objął Jerzy Zając, zastępcy - Stanisław Baniowski, przewodniczącego RM - Jan Materniak. W roku 1998 na stanowisku burmistrza pozostał J. Zając, jego zastępcą wybrany został Janusz Szaj, przewodniczącym Rady Miejskiej - Janusz Waldemar Zubrzycki. Rada Miejska składała się z 22 radnych, a Zarząd Miasta z 7 osób, w tym obu burmistrzów. Przy RM działały 4 stałe komisje: rewizyjna, finansowo-budżetowa, oświaty i kutury oraz polityki socjalnej, komunalnej i spraw administracyjnych.
Po 1990 r. rozwinęła się przedsiębiorczość prywatna, powstało wiele prywatnych firm i małych zakładów. W latach 1945-1991 Lubaczów był siedzibą archidiecezji lwowskiej (przeniesionej tu ze Lwowa), oficjalnie występującej pod nazwą Archidiecezji w Lubaczowie. W 1992 r. została powołana Diecezja Zamojsko-Lubaczowska z siedzibą w Zamościu. W dniach 2-3 czerwca 1991 r. Lubaczów gościł Ojca Świętego Jana Pawła II.
Od 1 stycznia 1999 roku znów na mapie Polski pojawił się powiat lubaczowski w kształcie z 1975 roku. Starostą Lubaczowskim został Józef Michalik, na jego zastępcę wybrano Martę Fircowicz-Mazurek, przewodniczącym Rady Powiatu został Adam Swatek. Od 29 sierpnia 2000 wicestarostą był Adam Sobczak, przewodniczącym rady - Władysław Drop.
W roku 1990 po pierwszych wyborach samorządowych III RP burmistrzem Lubaczowa został Wiesław Bek. Kolejno w wyniku wyborów 1994 roku stanowisko burmistrza objął Jerzy Zając, który rządził Lubaczowem przez dwie kadencje. W 2002 roku wyborcy postawili natomiast na Janusza Waldemara Zubrzyckiego ówczesnego Przewodniczącego Rady Miasta, który rządził Lubaczowem przez 4 lata wraz z zastępcą Krzysztofem Szpytem. Kadencja (2006-2010) to ponownie rządy Jerzego Zająca z zastępcą Januszem Szajem.